塔吉克史学家把鲁达基、菲尔多西等人说成塔族的文化名人，是偷窃行为；萨曼王朝并非独立国家，因为哈里发不允许。
20世纪90年代以来，塔吉克斯坦学者反复表达历史悲情：帝俄时期塔吉克族被可悲地突厥化，苏联时期则被“乌兹别克化”；中亚“斧斫式”的民族划界是错误的、不公正的；历史上的布哈拉、撒马尔罕等名城一直都是塔吉克族的聚居区，塔吉克族对这些地区拥有历史权利；
乌兹别克斯坦对塔吉克族进行排挤和同化，未被同化的塔吉克族人被排挤到山区居住，但这些不公正待遇却为塔吉克族的“民族叛卖分子”所接受。
塔国史学家认为，菲祖拉·霍加耶夫(中亚民族划界委员会成员，是决定布哈拉和撒马尔罕命运的关键人物)废除了塔吉克语的官方语言地位
此外，拉希姆巴耶夫、泽林斯基、阿布杜·卡迪尔一穆希季诺夫、奇诺尔·伊玛莫夫等人都是“民族叛徒”。他们为了官位而伪造历史，损害了塔吉克民族的利益。按照当时外交部长齐切林的构想，应建立塔吉克斯坦加盟共和国，而将乌兹别克斯坦作为自治共和国加入其中。
今天乌国“乌兹别克化”了的塔吉克族人也遭到贬损。2010年3月20日，阿布杜拉耶夫撰文指出：在苏维埃政权建立之前中亚并无独立国家，当然不能说撒马尔罕和布哈拉等地应属于塔吉克斯坦
1924年10月14日之后，塔吉克斯坦归属乌兹别克斯坦加盟共和国，直到1929年12月5日才升格为加盟共和国，这样看来，不仅塔方无权向乌方提出领土要求，相反，是乌方有权向塔方提出领土要求，甚至可以将塔国全境归并乌国所有；但乌国遵守国际法，从未向塔国提出领土要求。
阿布杜拉耶夫还认为，塔方贬低乌兹别克族在中亚文化和历史遗产创造中的作用。乌国的塔吉克族支持塔国学者的观点，并在俄罗斯人中间唤起民族同情——因为部分俄罗斯人也认同自己是雅利安人，同情甚至附和塔国舆论。
乌国学者强调苏联时期经济发达的乌兹别克斯坦对落后的塔吉克斯坦进行的全面援助，将列宁阿巴德州(今塔国粟特州)送给塔吉克斯坦；但是塔国学者证明，该州原本就是塔族居民占多数。
2007年9月26日，乌方学者深情地回顾了苏联时期和塔国内战期间乌兹别克斯坦对塔吉克民族的兄弟情谊和友好援助(向库里亚布运送大量米、面、粮、油)，发出“我们要友好相处”的呼吁。
10月1日玛索夫回应道：乌国曾积极介入塔国内战，是塔国内战的主要外因；乌国的友好只是虚情假意，推行反人民政策，对塔国实施交通封锁；关闭边界并布雷，造成平民伤亡；对驶往塔国的列车进行严格检查，对女乘客的做法尤其侮辱人格，等等。
关于水资源与国家关系问题。中亚水资源的分配和利用是一个地区性难题，各方始终无法协调立场。塔吉克斯坦和吉尔吉斯斯坦地处阿姆河和锡尔河的上游，山地面积广阔，水资源充分，但是缺乏煤、电等能源，依赖乌、哈、土等国输人(乌、土是塔国的天然气来源)；
而乌兹别克斯坦和土库曼斯坦等国处于河流下游，土地干旱，水资源严重缺乏。塔、吉两国多年来希望借助修建水电站，满足国内能源需求并发展经济，摆脱对乌国的倚赖，甚至出口水电；乌方主张各国共同管理水资源，以照顾地区各国利益和生态要求，并强烈反对塔、吉两国修建水电站，认为这会影响其用水，甚至带来巨大灾难。
乌国不仅担心塔国能源独立，更担心塔国利用修建水电站对乌施压。从2000年开始，塔国决意在瓦赫什河上游修建罗贡水电站，在罗贡水电站问题上，乌、塔两国缺乏政治互信，都认为对方试图危害己方利益，将该项目高度政治化
乌国总统卡里莫夫曾激烈表示，如果塔吉克斯坦执意修建水电站，就意味着战争。2009年，卡里莫夫致信世界银行，说明乌方立场，并且打算将该问题提交联合国裁决；世行领导人表示将成立国际委员会客观考察该项目。
2010年4月，乌国总理致信塔国总理，呼吁塔国对罗贡水电站项目进行客观公正的论证。此前，塔方曾委托德国的拉马耶公司以及法国的科因一贝利叶公司进行论证，罗贡水电站不会损害任何人的利益。
此后，乌、塔两国的矛盾引发双方学术论战的升级。2010年3月15日，乌国院士阿布杜拉耶夫发表长文《乌兹别克斯坦：挑战、威胁、问题及其解决》，论及乌兹别克斯坦在独立后面临的主要问题：地理位置封闭；失业严重
邻国造成的威胁和挑战——塔国爆发内战，导致数十万人伤亡，许多人成为难民，乌国被迫中断了与费尔干那盆地的铁路交通；吉尔吉斯斯坦境内的吉一乌族群冲突也可能演变为内战，塔一乌、塔一吉都可能爆发军事冲突。
该文立即引起塔方学者的尖锐回应，引发新一轮的激烈论战。围绕跨境水资源利用问题，吉尔吉斯斯坦与哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦也都存在分歧。吉尔吉斯斯坦政界有人主张运用水作为武器来实现政治目标，被称为“水利利己主义”
例如，2010年4月，哈萨克斯坦因吉国发生骚乱而关闭吉一哈边界，吉方随即切断流往哈国的水源。
2013年5月19日和7月7日，吉方未经告知两次切断流往哈国的水源。对于吉一乌相邻地区，吉尔吉斯斯坦也曾采取类似措施。俄罗斯支持吉国修建“康巴拉塔”l号电站，引发相关国家的不满。
2012年9月，俄一吉签署项目合作协议，2013年5月，俄国家杜马批准了该协议。塔国也表示了它必将修建水电站的意志，并积极争取外国投资。
阿布杜拉耶夫称，水资源不足已妨碍到乌国的正常发展，吉、塔两国试图修建电站和水库，然后将用过的水卖给乌国，导致乌国灌溉用水不足，而且无法补给咸海，这已构成威胁。
阿布杜拉耶夫提出“相互补偿”方案：由于这些河流流经乌国，给乌国造成巨大负担，并付出巨大代价，上游国家和下游国家应该互相补偿，这才比较公平。
但玛索夫回应称，塔国拟建的罗贡水电站、努列克水电站不会造成任何威胁(地处高山，不会淹没居民点)，相反，地处平原的凯拉库姆水库才会威胁到乌国，但是乌国并不反对，因为乌国需要该水库；咸海枯竭首先是因为乌国修建了大量水库和干渠所致，与罗贡水电站无关。
2013年7月，阿布杜拉耶夫院士撰文称：吉、塔两国修建水电站就像悬剑，一旦发生地震，会导致下游的乌兹别克斯坦变成泽国。
此外，由于俄罗斯在吉国修建水电站问题上的立场，阿布杜拉耶夫院士也将矛头对准俄罗斯：称俄、吉两国签署协议修建水电站，违反国际法和俄罗斯国内法，犯了非常愚蠢的错误；吉尔吉斯斯坦两次爆发吉一乌族群冲突
乌族受害严重，可能引发吉一乌军事冲突，但作为集体安全条约组织的成员国，俄罗斯并未对吉国乌族提供保护；乌国应将吉、俄视为敌人；乌国是苏联的继承人，也是乌兹别克汗国的继承人，因此有权向俄罗斯、白俄罗斯、哈萨克斯坦和乌克兰等国提出领土要求。
阿布杜拉耶夫认为：塔国无权修建水电站，也无权单独处置跨国河流，否则“乌兹别克斯坦有充分理由向其提出领土和其他财产要求”；
吉尔吉斯斯坦曾属浩罕汗国，哈萨克斯坦曾经在金帐汗国的版图内，因此乌兹别克斯坦有权对吉尔吉斯斯坦、哈萨克斯坦、亚美尼亚等国提出领土要求；乌国还可加入北约，变成其在中亚的桥头堡，这样，乌国的劳动力过剩问题就可以解决：乌国青年可以参军，而不必赴俄、哈打工。
阿布杜拉耶夫还对苏联时期的中亚划界表达不满：俄、哈获得大片领土，但乌兹别克斯坦却地少人多，鉴于这种不公正性，俄、哈有义务全力帮助乌国，而不应该限制乌国劳工进入。
该文被认为是在转移视线，为乌国同北约的紧密合作做舆论准备。中亚的学术论战涉及地区各国关系和中亚“大牌局”。
多年的学术论战暴露出中亚各国在建构民族国家进程中面临的困扰和问题。中亚各国刚刚走上建立现代民族国家的道路，其政治制度和政治文化都在发生深刻变革。论战既涉及历史遗留问题，也涉及大量难解的现实问题，是国家关系在意识形态领域的反映。
塔、乌两国互相敌视对于两族、两国乃至中亚地区来说都会产生消极影响。学术精英的论战强化了相关国家主体民族的认同，但是中亚各国的争论和交恶，使得中亚地区的和平与稳定受到威胁，更别提中亚地区一体化进程的推进。
相信随着各国的经济发展与社会进步，各方会认识到加强地区合作的重要性。到那时，中亚地区各国的交流与合作会推动中亚地区的一体化进程稳步前进。（注释略）
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